In Bonn begann Nietzsche sein Studium der Altphilologie und belegte Vorlesungen über Kunst- und Kirchengeschichte, Theologie und Politik. Die Altphilologischen Studien waren überschattet durch Streitereien seiner Lehrer Ritschl und Jahn, die innerhalb der Universität skandalartige Ausmaße annahmen. So war Nietzsches Entschluß, Bonn zu verlassen und vom dritten Semester an in Leipzig zu studieren, bald gefasst. Die Tatsache, dass Ritschl einen Ruf nach Leipzig erhielt, mag seinen Abschied von Bonn erleichtert haben. Ritschl privat gegebene Anregung einen philologischen Verein zu gründen, fand Nietzsches Beifall. Schon bald konnte Nietzsche hier im kleinen Kreis dozieren. Sein erster Vortrag, dem noch weitere folgen sollten, galt einer neuen Ausgabe der Gedichte des Theognis von Megara. Der Erfolg seiner Darlegungen ermutigte ihn, Ritschl seine frühere Arbeit über Theognis zu zeigen. Nietzsche erntete Lob, und Ritschl empfahl ihm, das Manuskript für die Veröffentlichung umzuarbeiten.

Ein weiterer Vortrag Nietzsches beschäftigte sich mit den Verzeichnissen zu den aristotelischen Schriften und setzte ein besonderes quellenkritisches Studium voraus. Auf Ritschls Vorschlag stiftete die Universität für dieses Thema einen Preis, den Nietzsches Arbeit erhielt und die daraufhin in mehreren Nummern des “Rheinischen Museums” abgedruckt wurde. Andere Veröffentlichungen folgten: die Studie über Theognis erschien ebenso im “Rheinischen Museum”, wie ein Manuskript über Simonides “Ode an Danae”. So wurde Nietzsches Namen in der gelehrten Welt seines Faches schnell bekannt und er stand durchaus schon im Rufe eines qualifizierten jungen Wissenschaftlers, als ihm - wiederum auf Betreiben Ritschls - noch vor Abschluß seiner Studien die Professur in Basel angetragen wurde. Nietzsche blieb noch in Leipzig, da er noch das Wintersemester vor sich hatte.

Friedrich verliebte sich in Hedwig Raabe, eine Schauspielerin, die im Sommer 1866 in Leipzig gastierte und deren Kunst er sehr bewunderte. Der kontaktschwache Jüngling liebte Fräulein Raabe aber nur von Ferne. Seine Leidenschaft fand in einigen Liedern Ausdruck, die er selbst vertonte und die er der Dame seines Herzens mit einem überschwenglichen und zugleich gezierten Widmung übersandte. Nietzsche hatte oft ein gehemmtes, distanziertes und fast immer unengagiertes Verhältnis zu Frauen.

In Leipzig lernte Friedrich auch Erwin Rohde kennen. Mit ihm unternahm Nietzsche auch am Ende seiner Studienzeit eine Wanderfahrt nach Meiningen zu einem Musikfest der Wagnerianer. Wagner und Schopenhauer, dass waren damals zwei Vertreter derselben spätromantischen Welt, die Nietzsches Wesen formten.

Der junge Philosoph mußte sich 1867 zum einjährigen Militärdienst melden, den er bei Naumburg verbringen und somit zu Hause wohnen konnte. Nach einem Reitunfall verheilte eine Verletzung der Brust nur langsam, so daß er bis zum Ablauf der Dienstzeit Krankenurlaub bekam. Nach dem Ende des Semesters ging er nach Basel, wo er mit 24 ½ Jahren zum Professor der klassischen Philologie ernannt wurde. Während Nietzsche in Kontakt zu Rhode blieb nutzte er die Gelegenheit, die Bekanntschaft mit dem 31 Jahre älteren Richard Wagner, der damals in Tribschen bei Luzern lebte, zu erneuern. Richard Wagner und seine Frau Cosima fanden Gefallen an dem jungen Gelehrten, die beiderseitige Vertrautheit wuchs schnell, und schon bald gehörte Nietzsche mehr oder weniger zu dem großzügigen Haushalt, war nicht nur gern gesehener Gast, sondern erhielt für dauernd zwei Zimmer zugewiesen, konnte kommen und gehen, wann immer er wollte, und hielt sich so oft wie möglich in Tribschen auf . Vom Zauber dieser Freundschaft, die ihm wohl zum erstenmal seit seiner Kindheit so etwas wie ein Heim bot, war Nietzsche geblendet. Die dunklen Seiten Wagners, der herrische Charakter, der Egoismus, die Skrupellosigkeit und Verschwendungssucht des Meisters, blieben ihm damals verborgen. Dieses Glück eine neue Heimat zu haben dauerte fast 3 Jahre. Dann zog Wagner nach Bayreuth, wo ihn Nietzsche später besuchte, um der Grundsteinlegung des Festspielhauses beizuwohnen. Unterbrochen war die Gemeinsamkeit nur von August bis Oktober 1870, als Nietzsche als freiwilliger Krankenpfleger am Deutsch-Französischen Krieg teilnahm. Doch wie auch schon seine frühere militärische Ausbildung endete auch dieser Dienst vorzeitig durch Krankheit. Als Begleiter eines Verwundetentransports zog Nietzsche sich Ruhr und Diphtherie zu. Er genas langsam, kehrte nach Basel zurück und begann, den Krieg und die Hegemonie Preußens, für die er bisher so eingenommen war, mit Skepsis zu betrachten. In Basel war er als Lehrer nicht unbeliebt, und die Basler dankten ihm 1872 die Ablehnung eines Rufes nach Greifswald mit einer Erhöhung seines Gehaltes von 3000 auf 4000 Franken. 1871 veröffentlichte Nietzsche in Basel das Werk “Die Geburt der Tragödie”, welches sich gegen Sokrates und damit gegen den Geist der Aufklärung wandte. Sein Werk fand nur Anklang bei wenigen, einschließlich Wagner. Die Gegner seines Werkes waren empört, die Studenten blieben aus und Nietzsche erlangte nie wieder seinen Ruf als Wissenschaftler zurück, sondern galt als Kritiker seiner Zeit.